Jako struktura uniwersytecka Ogród podlega J.M. Rektorowi Uniwersytetu Zielonogórskiego.
Ogród Botaniczny podlega następnie dyrektorowi Instytutu Nauk Biologicznych Uniwersytetu Zielonogórskiego.
Za Ogród odpowiedzialny jest kierownik ds. administracji - mgr Radosław Skrobania (2007 do dziś) [przy współpracy z głównym specjalistą - drem Pioterm Redą (2007-2021; przez pierwsze lata kierownik ds. nauki).