Jako struktura uniwersytecka Ogród Botaniczny podlega Jego Magnificencji Rektorowi Uniwersytetu Zielonogórskiego, następnie dyrektorowi Instytutu Nauk Biologicznych Uniwersytetu Zielonogórskiego. Za ogród odpowiedzialny jest także kierownik ds. administracji - mgr Radosław Skrobania.
Rada Programowa Ogrodu Botanicznego obecnej kadencji:
Zgodnie z Zarządzeniem nr 7 Rektora Uniwersytetu Zielonogórskiego z dnia 4 stycznia 2021 roku w skład Rady Programowej Ogrodu Botanicznego Uniwersytetu Zielonogórskiego wchodzą:
Rada Programowa Ogrodu Botanicznego poprzedniej kadencji: